区别如下：

1. 颜色：海水珍珠通常呈现出单一的颜色，通常是白色或淡黄色。而南洋珍珠可呈现出多种颜色，包括白色、金色、黑色和粉色等。

2. 大小：海水珍珠一般比较大，直径通常可以达到9毫米或以上。而南洋珍珠相对较小。

3. 形状：海水珍珠的形状一般比较规则，很少出现异形。而南洋珍珠具有更多的形状变化，可以出现各种形状，如圆形、椭圆形、条形等。

此外，海水珍珠一般比淡水珍珠大，这是由于海洋环境中的养分供给较多。海水珍珠形状较为规则，而淡水珍珠具有更多的形状变化。