摩托车落户后合格证一般不会被收走，但会被严格审核。车主需要提供合格证、购置税发票、身份证、行驶证等材料进行审核，审核通过后才能领取号牌和上牌。

一些地方可能会要求车主把合格证上的章刻掉或者注销，但这不是普遍情况。车主需保护好自己的合格证，以备不时之需。