如果企业的社保费部分缴纳有剩余，应该及时将剩余部分缴纳给社保管理机构。具体操作方法是，企业可以通过银行转账或者现金方式将剩余费用缴纳到指定的社保费用账号中。

此外，在缴纳剩余部分之前，企业需要认真核对社保费用的缴纳情况，避免出现重复缴纳或者遗漏缴纳的情况。及时缴纳剩余部分社保费用可以保障企业员工的社保权益，同时也有助于企业避免不必要的罚款和纠纷。