井冈山具有典型的二元山体结构的特点，即前寒武变质基底和中泥盆世之后的稳定沉积盖层。根据区域地球物理和岩石地球化学研究成果表明，华南地区地壳下部还存在花岗质结晶基底。多期次的地壳运动使得基底和盖层多被改造，形成褶皱。

下部基底是由新元古界—下古生界的板岩形成的一系列基底紧密褶皱，走向以北北西为主，倾向南西或北东，倾角为50°—75°；上部的盖层褶皱由上古生界的石英砂岩组成，属宽阔型褶皱，多被逆冲—推覆构造所改造。