新农合低保户住院报销比例如下：

1、农村门诊报销比例是村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%；

2、镇卫生院就诊报销40%；二级医院就诊报销30%；

3、三级医院就诊报销20%。每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。农村住院报销比例是镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%。