医疗保险断交3个月个人账户不会清零，但从未及时缴纳当月起，就会停止对你使用医保待遇，在一个医疗保险缴纳年度内，社保停止缴纳3个月，医疗保险的缴纳年限清零，将重新计算。中断后继续缴费的，必须按照规定以补缴时当地上年度职工平均工资为缴费基数，将中断期间的全部欠费补齐。