西域长史府与西域都护府的主要区别体现在官阶设置、人员构成以及职能方面。都护府设有都护一人，其属官中包含长史，相当于秘书长，表明都护府级别高于长史府。都护一般由武将担任，而长史多为文官。此外，都护府是纯粹的军事机构，而长史府则具有一定的行政职能，说明长史府对西域的控制更加深入。