当马桶底坑满了，首先要做的是打开水龙头，将水用力冲入马桶中，以确保水流能够顺畅，帮助把底坑中的物质冲走。

如果底坑中的物质较为固体，可以使用保洁液、漂白水等清洁剂，将其倒入马桶内浸泡，稍等片刻后再用水冲洗干净，这样能够有效消除异味和杀死细菌。

在清洗时，可以选择使用马桶刷或者手套等工具，用力刷洗底坑，注意清除马桶的下水道，保证流量通畅。

如果底坑仍然无法清除，可以考虑使用马桶疏通器来进行清理。使用前，先将马桶盖打开，将疏通器的橡胶部分插入马桶内，用力上下活动，形成压力，帮助将底坑中的物质排出。

如果马桶底坑长期堆积，可能导致马桶管道瘤管的腐蚀，应及时处理。有建议雇专业的管道疏通公司进行处理，避免因清理不彻底或者方法不得当而导致更严重的问题。为保障马桶的清洁，日常使用时要遵守一定卫生习惯，注意不要将卫生棉、湿巾等杂物扔入马桶内，避免堵塞马桶底坑。