布置两层课桌应该注意以下几点：

首先，要确保上下两层之间的距离足够，方便学生放置书本和文具，并且不会造成碰撞。

其次，要合理分配课桌的大小，上层面积可以适当变小，方便下层使用。

第三，要考虑课桌的材料和结构，选择耐用且易于清洁的材质，并保证结构稳固安全，避免发生倾斜或掉落现象。

最后，两层课桌的摆放应该符合教室的空间和人流走向，方便学生进出，同时也要考虑学生的视野与交流。