千湖沙漠的水主要分布在沙漠的中央，并且从地下水和河流中提供了补给。 大多数沙漠地区的水是咸水，因为大气降水经过蒸发后，其中的天然盐分会留在水中，导致水变得咸味。 但是，千湖沙漠的水主要是淡水，因为多年的流动和过滤已经大大减少了水中盐分的含量。

此外，该地区的降水量较高，加上地形和下凹的地形，这也有助于保存水的清新和可饮用。