营养价值不同：福建脐橙肉质脆嫩、多汁、化渣，含丰富的胡萝卜素以及维生素C，营养价值高，赣南脐橙有较浓郁的橙香味，口感酸甜适中，含维生素A、B、C，且含铁、钙、镁、钾、钙等。

产地不同：福建脐橙在福建种植的较多，赣南脐橙的主要产区在寻乌县、安远县、会昌县、信丰县等。

福建脐橙：果实为长椭圆形或者短椭圆形，橙红色，单果重在250-350克，果皮光滑，剥离难，果肉多汁化渣，风味浓郁，富有香气，品质上乘。

赣南脐橙：果大形正，通常每个都在250克左右，橙红色，可食率达85%，颜色偏红，果皮光滑，细腻，果形多是椭圆形的，果实成熟之后有浓郁的橙香味，肉质脆嫩、化渣，口感酸甜适中，营养价值极高。