最大区别为报销比例的不同。

医院设置特殊病种门诊是为了充分发挥基本医疗保险作用，是为了满足长期患慢性疾病以及需长期用药的参保患者的基本医疗需求，减轻其医疗费的负担，对一些特定的不需要住院且医疗费用较高的患大病和慢性病的人员在门诊进行诊疗的费用参照住院的标准予以报销。大病补充医疗保险，指的是参保人因患病在定点医疗机构发生了医疗费用，该费用符合基本医疗保险规定的范围，就给予报销的保险产品。