总厂和分厂是两个不同的法人单位，虽然属于同一个企业，但是社保是按照个体缴纳的原则进行的，每个单位需要独立缴纳。

如果总厂和分厂没有建立起良好的内部协调机制，或者存在管理层面的问题，就很容易出现总厂缴纳而分厂不缴纳的情况。此外，还可能存在分厂未及时申报、未满足缴纳条件等原因。因此，需要各级管理部门和企业内部加强沟通和协调，确保所有单位都按规定缴纳社保。