1、名字有不同的来源：正黄旗是以纯正的黄旗命名的；镶黄旗是以红色边缘的黄旗命名的。

2、地位不同：这两个虽然属于上三旗，但镶黄旗是首旗。

3、建立时间不同:正黄旗建于明万历二十九年，镶黄旗建于明万历四十三年。