海域使用权证的颁发始于1993年，当时我国财政部与国家海洋局联合发布了《国家海域使用管理暂行规定》，初步确立了海域使用证和海域使用金制度。

随后，2002年6月27日，国家海洋局发布了《海域使用权证书管理办法》，该办法自2002年6月27日起实施2。此外，值得注意的是，2006年10月13日，国家海洋局印发了《中华人民共和国海域使用权登记办法》，这是另一个与海域使用权证相关的行政法规