本次运行允许是指系统运行前需获得用户授权，才能执行特定的操作，如访问敏感数据、发送短信等。而仅在使用中允许是指用户在使用系统时，需要动态确认系统所需的权限，如摄像头、麦克风访问等。

这两种授权方式都可以保护用户隐私和安全，但是区别在于前者需要在安装或更新应用时确认，后者则在使用时逐步确认。