毕业论文中的源代码程序确实会被严格查重。以下是关于源代码查重的几个要点：

查重范围：源代码作为论文的一部分，会被纳入查重系统进行检测。如果代码与已知文献中的代码相似，可能会被查重工具检测出来。

查重系统更新：知网等查重系统近年来进行了更新，新增了源代码库，能够支持多种编程语言如C++、Java、Python等的检测和比较。这意味着代码的查重能力得到了增强。

查重标准：查重系统通常遵循一定的规则，如连续十三个以上字符重复则可能被计算为涉嫌抄袭。

避免查重策略：为了避免代码被查重检测到，建议对代码进行修改，或者采用截图的方式插入程序代码，因为当前的查重系统尚不能检测图片部分。但应注意不要过度使用图片，以免影响论文字数。

代码的重要性：对于计算机专业的学生来说，论文中的代码是其核心内容，对论文的质量有重要影响。因此，在修改代码时需要格外小心，以免影响程序的逻辑性和运行。

引用和撰写：即使查重工具可能不会主动检测程序代码，研究人员在撰写论文时仍需谨慎处理代码的引用，以保证学术诚信和原创性。

综上所述，毕业论文中的源代码程序会被严格查重，且随着查重系统的不断更新，查重能力也在增强。因此，研究人员在写作过程中需要注意避免抄袭，确保代码的原创性。