需要5000积分。

因为南航明珠卡积分对飞行里程有严格的对应规定，广州飞乌鲁木齐的历程是3031公里，根据南航明珠卡积分规定，超过3000公里的航班需要5000积分，因此需要5000积分。

此外，南航明珠卡积分是可以用于兑换飞行里程、机场贵宾室、机票折扣等多种权益，使用灵活便捷。