墨脱实际上位于西藏东南部，地处雅鲁藏布江下游，南与印度交界，总面积有3.4万平方公里。

虽然身处平均海拔为4000多米西藏高原，但墨脱县的平均海拔是1200米，北高南低，北部最高的是海拔7756米的南迦巴瓦峰和海拔是7294米的加拉白垒峰，南部最矮的是海拔仅115米的巴昔卡，落差超过7000米。