肌酸纯度99和99.99的主要区别在于纯度和杂质含量。具体表现为：

- 纯度不同：纯度99%和99.99%分别表示肌酸的纯度不同，99.99%的纯肌酸杂质最少，效果相对较好。

- 杂质含量不同：在日常生活中，使用肌酸时，纯度99的杂质含量为1%，而99.99的杂质含量为0.001%。

- 效果不同：肌酸纯度越高对人体的副作用越小。特别是肾脏功能不好的人服用纯肌酸纯度不能低于99.95%。

在选择肌酸时，建议根据个人需求和体质，选择适合自己的产品，并在专业人员的指导下使用。