应该先与车货主协商解决，如果无法解决，则应该向相关部门（如物流部门、财务部门等）汇报和寻求支持，以保障公司的利益。

在协商中可以明确要求车货主支付运费的原因和金额，并展示相关的合同或协议等证据，以保证公司的权益。

此外，公司也应该加强对车货主的评估和管理，避免再次发生类似问题，加强内部控制，提高效率和经济效益。