棋盘山别墅楼盘废弃的原因主要有以下几点：

开发商的违法违规行为：在建设过程中，开发商未经许可擅自改变规划、非法占用土地等，导致该楼盘无法获得合法的产权证书。这使得楼盘无法正常销售和使用，进而成为了“烂尾楼”。

建设质量问题：一些业主反映在购房后发现了严重的质量问题，如房屋结构不合理、建筑材料质量不合格等。这些问题不仅影响了房屋的使用寿命，也对业主的居住安全造成了严重威胁。

地理位置和配套设施问题：棋盘山别墅楼盘的位置较为偏远，交通不便，配套设施不完善。这使得该楼盘的吸引力大大降低，难以吸引购房者购买。

综上所述，棋盘山别墅楼盘废弃的原因是多方面的，包括开发商的违法违规行为、建设质量问题和地理位置等因素。这些因素共同作用，导致该楼盘无法正常销售和使用，最终成为了一个废弃的楼盘。