玻璃种翡翠的颜色有白色、红色、绿色、紫色、黄色、粉色等，只是颜色较淡而已。

通常，玻璃种翡翠没有明显的颜色，只是带有淡淡的底色，如淡淡的绿色、淡淡的蓝色或淡淡的红色、黄色等。极少部分玻璃种翡翠带有明显的颜色，颜色越多、越浓艳价值越高。飘零着一些色花的称为玻璃种飘花翡翠，而满色、正绿的称为玻璃种帝王绿翡翠。