当运输公司使用机械租赁时，做账的过程需要确保准确记录所有的交易和费用，以便进行有效的财务管理和决策。

首先，每次租赁机械时，应记录租赁日期、租赁期限、租赁费用等信息，并核对租赁合同和发票，确保信息的准确性。

其次，要将租赁费用按照适当的会计科目进行分类，例如，如果租赁费用是短期的，可以将其归类为“营业费用”，如果是长期的，则可能归类为“固定资产”或“长期待摊费用”。

此外，还需要定期进行账目核对和审计，以确保账目的准确性和合规性。总之，正确的做账方式可以帮助运输公司更好地管理其机械租赁业务，提高财务透明度和经营效率。