如果建设工程合同中明确约定仲裁，则不违反专属管辖。仲裁是一种合法的争议解决方式，双方自愿选择仲裁并签署仲裁协议，意味着同意接受仲裁庭的决定。因此，合同中约定仲裁不会剥夺法院的专属管辖权。

如果一方未经另一方同意就向法院提起诉讼，则可能会被认为违反协议并被要求停止诉讼。