农村自建房不动产权证书网上查询的步骤如下：

访问所在地政府官方网站或不动产登记管理部门的官方网站。

在网站上找到不动产查询或房产证查询的入口。

根据网站提示，输入相应的房产信息或权属人信息，如产权人姓名、产权证号等。

系统会根据输入的信息进行查询，并显示相关结果。

请注意，网上查询可能无法获取房产证的具体信息，如需要查询更详细的信息，建议前往当地的房管局（房地产交易中心、房屋管理局、房管处）档案馆或窗口进行查询。在查询过程中，请确保提供准确的房产信息以便查询。