不合法。

因为一个员工因为健康原因需要病假不在工作岗位上，这并不能代表员工就不能胜任自己的职责，所以以此作为是否合格的依据是不合适的。

此外，这种做法也可能会引起员工的不满和不公正对待，也会对员工的工作积极性产生不良影响。

单位应该更加关注员工的整体表现以及工作能力，建立多元化、公正合理的考核体系。

因此，单位不应以员工病休不在场来认定员工考核不合格。

应该采用合理的考核方式和标准，更加注重员工的整体业绩和能力表现。