磷肥和菌肥不能混合施用的。这是因为生物菌剂中含有活菌成分，与磷肥混合很容易造成菌肥中菌群的活性降低严重的甚至造成部分菌所死亡。

同时磷肥属于无机盐类，与菌肥混用，容易造成俊群周围盐浓度过高，形成生理性失水而死亡，因此不建议磷肥和菌肥同时施用。