柠檬切开芯中间出现褐色区域通常表明果实过熟或储存不当。这些褐色斑点通常是由真菌或细菌感染所致，可能引起异味和变质。

虽然柠檬芯的褐色区域可能会影响口感和外观，但如果斑点面积较小且没有明显变质迹象，则去除褐色部分后，柠檬汁和果肉仍然可以安全食用。然而，如果褐色区域广泛或伴有软烂或异味，建议丢弃整个柠檬，以避免食用腐烂变质的果实。