颜色：红色菠萝蜜果肉呈红色，黄色菠萝蜜果肉呈金黄色。
口感：红色菠萝蜜果肉脆爽，香味比较浓郁，甜度在18-25度之间，黄色菠萝蜜果肉则比较软绵，香味不如红色菠萝蜜浓郁，甜度在15-20度之间。
纤维：红色菠萝蜜果肉中的纤维比较粗大，黄色菠萝蜜果肉中的纤维比较细小。
产量：红色菠萝蜜比黄色菠萝蜜的产量高。
核的大小：红色菠萝蜜的核比黄色菠萝蜜的核要大一些。
产地：红色菠萝蜜主要产于海南、湛江、茂名、惠州、肇庆、广州、江门、阳江、云浮、汕尾等地区，而黄色菠萝蜜主要产于泰国、菲律宾等地区。
价格：红色菠萝蜜的价格比黄色菠萝蜜的价格要便宜一些。
食用方法：红色菠萝蜜可以直接生吃，也可以制作罐头或果干，而黄色菠萝蜜可以直接生吃或制作罐头，但不能制作成果干。
粘液：红色菠萝蜜的粘液比黄色菠萝蜜的粘液要多一些。
异味：红色菠萝蜜没有异味，而黄色菠萝蜜有异味。
味道：红色菠萝蜜味道比较甜，而黄色菠萝蜜味道比较酸。
大小：红色菠萝蜜比黄色菠萝蜜要大一些。
成熟度：红色菠萝蜜比黄色菠萝蜜要熟一些。
肉质：红色菠萝蜜的肉质比较软绵，黄色菠萝蜜的肉质比较脆爽。
保鲜度：红色菠萝蜜比黄色菠萝蜜保鲜度高一些。
耐贮藏性：红色菠萝蜜比黄色菠萝蜜耐贮藏性高一些。
适应人群：红色菠萝蜜适合大部分人群食用，而黄色菠萝蜜不适合过敏体质的人食用。
价格：红色菠萝蜜的价格比黄色菠萝蜜的价格要便宜一些。
营养价值：红色菠萝蜜的营养价值比黄色菠萝蜜的营养价值要高一些。