支付宝逾期并不影响您在公积金中心的账户，您依然可以通过支付宝或其他渠道进行公积金缴纳。因为支付宝逾期和公积金账户并没有直接关联，所以不会影响到公积金的缴纳。但是，如果您的支付宝逾期导致了芝麻信用分的下降，可能会影响您在借贷、信用卡等方面的申请和审批。所以建议您及时处理支付宝欠款，避免对个人信用造成不良影响。