双方通过网上签协议需要遵循以下步骤：

确定协议内容：双方应先确定协议的内容，包括协议的目标、条款、双方的权利和义务等。

选择合适的电子签名服务：可以选择一个可靠的电子签名服务，如支付宝的“电子签约”功能。

填写协议内容：在电子签名服务中填写协议内容，并确保内容准确无误。

签署协议：双方在电子签名服务中签署协议，确保签署的电子签名合法有效。

保存协议：签署后，协议将以电子版的形式保存在电子签名服务中，双方可以随时查看和下载。

需要注意的是，在网上签署协议时，应确保网络环境安全，避免信息泄露或被篡改。同时，签署的电子签名应合法有效，具有法律效力。如有疑问，建议咨询专业律师。