如果上海轮渡跨江送外卖超时，可以通过以下步骤来处理：

首先可以联系外卖平台客服，了解具体情况并催促骑手加快配送速度；

其次可以直接联系骑手，询问配送进度或者提醒其注意路况；

最后，如果配送时间已严重超时，可以考虑取消订单或者申请退款，并评价骑手配送服务。同时，建议在下单前尽可能了解餐厅所在位置以及交通状况，合理预估外卖送达时间，以便避免超时带来的不便。