后院自建房的窗户大小应该根据房间功能和采光需求来考虑。如果房间是卧室或客厅等主要生活区域，应该保证窗户面积足够大，以便充分采光和通风，同时也能让房间显得更加宽敞明亮。一般来说，窗户面积不应低于房间总面积的10%。如果房间位于邻近楼房的背后，还需考虑隐私和安全问题，避免开窗户过大引起安全隐患。因此，在设计后院自建房窗户的尺寸时需综合考虑诸多因素，做到合理且实用。