低保户在当地医院住院做手术的自费部分包括但不限于手术费用中不报销的部分、超出医保最高限额的部分、医保目录外的药品和诊疗项目等。这些都需要患者自己承担，医保不会报销。

需要注意的是，具体自费部分和报销比例因地区和医保政策而有所不同。在住院前，患者应该向医院咨询当地的医保政策和报销比例，以便做好准备。同时，在住院过程中，应该及时与医生沟通，了解治疗方案和费用情况，确保自己的权益得到保障。