蛋白酶能使消化道中蛋白酶的活性降低，从而影响蛋白质的消化，如生马铃薯中含有非常强的糜蛋白酶抑制因子，生大豆中含有胰蛋白酶抑制因子，如果直接用来喂猪，就会大大降低蛋白质的消化率。对这类含有蛋白酶抑制因子的饲料，通常要经过煮熟或加热使蛋白酶抑制因子遇热变性失活，才能用来喂猪。