一、含义不同：
1、工商管理硕士，全称为工商管理类硕士研究生(英文名为Master of Business Administration,简称MBA)。该学位的设立，旨在培养能够胜任工商企业和经济管理部门高层管理工作需要的务实型、复合型和应用型高层次管理人才。
2、工程管理硕士（Master of Engineering Management，简称MEM）是2010由中国工程院提议，委托清华大学进行学科论证，同年批复新设置的一种专业学位。工程管理是针对工程实践而进行的决策、计划、组织、指挥、协调与控制。
二、报考条件不同：
考生的学历必须符合下列条件之一：
1、具有国家承认的大学本科毕业学历后，有三年或三年以上工作经历者。
2、已获硕士、博士学位，并有两年或两年以上工作经历者。
3、获得国家承认的大专毕业学历后，有五年或五年以上工作经历
4、MBA各校还可能在教育部门规定的MBA报考条件基础上制定本校的报考条件。比如清华大学，对大专毕业生考生，要求有突出的工作业绩（相关证明、业绩报告）。