发酵是指豆腐乳在微生物的作用下，经过一段时间的发酵，使蛋白质分解成氨基酸和肽类，从而增加豆腐乳的鲜味和香味。在发酵过程中，微生物还会产生一些有益的代谢产物，如维生素、酶等，这些物质可以提高豆腐乳的营养价值。

直接腌制则是将豆腐乳直接浸泡在盐水中，使其慢慢吸收盐分，从而达到防腐和调味的目的。这种方法制作的豆腐乳口感相对较差，营养价值也较低。

总的来说，豆腐乳发酵和直接腌制的区别在于制作过程和口感、营养价值等方面的不同。