如果驾驶员在高速隧道中超速行驶并被判定违规，但认为自己有合理的申诉理由，可以按照以下步骤进行申诉：

核对违规记录：首先，确保违规行为确实存在误判。如果驾驶员确认自己的超速行为是被误判的，那么可以准备申诉材料。

收集相关证据：为了支持申诉，驾驶员可以收集相关证据，如行车记录仪的记录、道路监控录像、现场照片等。这些证据有助于证明行驶速度并未超过限速标准。

填写申诉表格：详细描述情况，包括行驶时间、地点、速度以及所收集的证据。同时，阐述对超速判定的异议，并提供为何认为自己的申诉是合理的理由。

保持冷静和礼貌：在申诉过程中，与相关部门的工作人员保持冷静和礼貌的沟通是非常重要的。避免情绪化的言辞和行为，以免给申诉带来负面影响。

提交申诉材料：携带填写好的《行政复议申请表》、《处罚决定书》、身份证、驾驶证、行驶证等材料到交管部门提出行政复议。

等待复议结果：交管部门受理后，经过调查，会通知当事人复议结果。如果对结果不满意，可以在接到通知五日内向当地人民法院提起诉讼。

需要注意的是，超速行驶是违反交通规则的行为，可能增加交通事故的风险，危及道路安全。因此，驾驶员应严格遵守速度限制，确保行车安全。如果驾驶员的超速行为确实违反了交通法规，那么申诉成功的可能性较小