法人持股和自然人持股的主要区别在于持股者的身份。法人持股是指公司、机构等法人实体持有的股份，而自然人持股则是指个人持有的股份。此外，法人持股与自然人持股在投资行为、持股数量、法律责任等方面也有所不同。

例如，在股份公司中，法人持股的比例受到法律规定的限制，而自然人持股则没有这样的限制。

此外，在公司的治理中，法人持股者通常会派遣代表参与董事会和股东会议，而自然人持股者则可以直接参加股东会议并行使投票权。

在股份公司的经营管理中，法人持股者和自然人持股者也有不同的法律责任和义务。