秦淮河有南北两源,北源句容河发源于句容市宝华山南麓,南源溧水河发源于南京市溧水区东庐山,两河在南京市江宁区方山埭西北村汇合成秦淮河干流,绕过方山向西北至外城城门上坊门从东水关流入南京城,由东向西横贯南京主城,南部从西水关流出,注入长江。