根据相关规定，残疾人存款超标停发三个月后，可以申请解除冻结，并将超出部分补回。下面是详细的补回流程和要求：

1. 提交申请：残疾人须向社会福利机构提出申请，申请解除冻结并补回超出部分存款。

2. 审核：社会福利机构将进行审核，确认存款超标的情况以及补回金额的具体数额。

3. 批准：审核通过后，需要批准解冻并补回存款的部门进行审批，并决定补回方式和时间。

4. 补回：一旦解除冻结，补回程序就会启动。补回的款项将直接汇入残障人士的个人账户。

需要注意的是，残疾人存款超标停发三个月后补回的金额应当考虑到以下几点：

1. 补回金额应当准确计算，不得多次申请。

2. 补回的款项应当只作为生活和医疗费用的支出，不得用于其他目的。

3. 残障人士应当详细记录每次支出的费用，以避免不必要的纠纷。

总之，残疾人存款超标停发三个月后是可以补回的，只需要按照上述流程申请即可。应注意申请时要提供详细的证明文件和资料。