参考文献标红不会影响查重率，因为查重系统是基于文本相似度原理运作的，它会将论文中的文字与已有数据库中的文本进行比对，判断是否存在相同或相似部分。

而参考文献通常被放在文章末尾，对整体文章的查重结果影响不大，因此无论是标红还是不标红都不会影响查重率。但需要注意的是，在写作时应遵守相关参考文献的格式规范，并在引用他人文章时注明出处和作者信息，以避免学术不诚信行为。