变蛋变水主要是由于微生物的分解作用。变蛋在制作过程中，鸡蛋被包裹在泥土和草木灰中。这些物质中含有丰富的微生物。当鸡蛋在合适的温度和湿度下存放时，微生物会渗透蛋壳，分解蛋黄中的蛋白质和脂肪。

经过一段时间后，蛋黄会逐渐液化，变成流质状的“蛋黄油”，而蛋清也会变稀，最终导致变蛋变水。