过滤系统包含两方面，物理过滤和生化过滤。

生化过滤：是以培养细菌为主的过滤方式。常见的就是水妖精（气动式过滤器）以及流行的气举。其原理就是以多孔隙的滤材上形成高氧区、水流体，用以培养硝化细菌。

物理过滤：是以抽取缸中肉眼能看见的残留物质。通过较致密的过滤物，也就是我们常用的过滤棉，用以阻拦大粒的废物再次回到缸内。物理过滤过程中也包含有生化过滤过程，因为过滤棉上也会培养硝化细菌生长。最常见的就是上滤。