在厦门，农村自建房是否可以申请保障房，需要根据当地的具体政策来确定。一般来说，保障房的申请条件包括户籍、收入、住房状况等因素，如果符合条件，可以向当地的住房保障部门咨询具体的申请流程和所需材料。同时，也要注意遵守当地的规划和建设规定，确保自建房的合法性和安全性。