根据通常情况下的法律原则，劳动纠纷中，双方签订的不追究合法待遇的协议是可能被认定为不合法的。这是因为劳动关系的性质以及劳动法的保护原则。

劳动法通常旨在保护劳动者的权益，确保他们获得合法的待遇和权益。当劳动关系存在纠纷时，法律通常要求用人单位提供合法的赔偿和待遇，而不允许双方通过协议放弃或削减劳动者的权益。

在某些情况下，双方可能愿意通过协商达成非法协议，例如放弃一些合法权益或接受不合法待遇。然而，这样的协议通常是不受法律保护的。劳动法往往以公共利益为基础，不允许个别劳动者放弃合法的权益，以确保所有劳动者都能够享受基本的劳动保护。

因此，在劳动纠纷中，如果双方签订的协议违反了法律的规定，特别是损害了劳动者的合法权益，法院或劳动争议仲裁机构通常会认定该协议为无效。

需要注意的是，具体情况可能因国家和地区而有所不同。因此，如果你面临劳动纠纷并与对方签订了有关不追究合法待遇的协议，建议你咨询专业的劳动法律顾问，以了解当地法律法规对此类协议的具体规定。