有纠纷的山林，就证明权属不清，是不能办理林权证的。如果想办林权证首先要向乡镇政府提出林地确权申请，报上级政府司法局和林业行政主管部门申请确权。

司法局和林业主官在法定期限内进行实地走访，查阅林业台账等形式依法进行工作，最后做出书面确权，拿着确权书就可以办理林权证了。