档案整理的流程通常包括以下步骤：制定整理方案，鉴定归档文件，建立数字化档案，清理过时文件和重复文件，整理并装订文件，安排存储和分类，编制目录和索引，建立文档保护系统，以及备份文件。

整理档案需要遵循严密有序的步骤，确保文件完整无误、可追溯性高，并建立高效的存储和检索系统，提高档案利用率和保护水平。