南通职业大学共有启东校区和通州校区两个校区，两个校区都具有各自的优势。启东校区位于启东市，校园环境优美，交通便利，设施齐全，专业多样化。

通州校区位于通州区，离江苏省南通市区较近，交通便捷，学部设置较为完备，还有良好的实践场地和实验室。因此，选择哪个校区主要取决于你的个人兴趣和专业设施需求。